高中生侦探工藤新一被黑衣组织灌下毒药变小，化名柯南，一边追查组织，一边解决无数棘手案件。
在看似幸福的孤儿院里，孩子们发现了自己是被“鬼”饲养的食物，于是策划一场惊天大逃亡。
将人体内的细胞拟人化，讲述红细胞、白细胞等细胞们，在身体内努力工作的日常。